checkpoint_manager 的 subprocess.run cwd 可能指向不存在的目錄，導致 FileNotFoundError

回報者指出 tools/checkpoint_manager.py 的 _run_git() 在呼叫 subprocess.run 時使用 Path(working_dir).resolve() 當作 cwd，但在 Linux/macOS 上即使目錄不存在，resolve() 仍會執行成功，導致 subprocess.run 拋出 FileNotFoundError；此錯誤雖被靜默捕捉並記錄，但代表 checkpoint 功能會在該目錄不存在時被悄悄停用。