[Bug] read_file 少算 total_lines，檔案結尾沒換行時可能默默丟掉最後一行

read_file 用 wc -l 計算行數，對最後一行沒有換行符的檔案會少算一行；當那一行剛好落在分頁邊界，讀取還會標記完成（truncated=False），模型以為讀完整份檔案，實際上默默漏掉最後一行。