功能：hermes setup 與 config 重新產生時應保留使用者自訂設定值

回報者指出執行 hermes setup 或版本升級後重新產生 config 時，使用者自訂的設定值（如把 compression.threshold 從 0.50 改成 0.80）會被靜默重設回預設值，導致使用者先前為避免 compaction 迴圈所做的調整失效；提案建議在寫入新 config.yaml 前，先讀取既有設定並以使用者值優先合併。